Casi dos siglos después de que la Compañía de Jesús se estableció en Nueva España, el 25 de junio de 1767 sus edificios amanecieron rodeados por militares. El noviciado de San Francisco Javier de Tepotzotlán no fue la excepción. Comenzaba una larga noche que se prolongaría poco más de cien años. A partir de 1777, con el auspicio del arzobispo de México, don Alonso Núñez de Haro y Peralta, el inmueble se destinó para albergar un seminario diocesano, una casa de retiro y una cárcel para clérigos que cometieran algún delito. Atrás quedaron los días de gloria. La bien ganada fama religiosa, educativa y material de San Francisco Javier empezó a desaparecer. Sostener el seminario episcopal se convirtió en una empresa estoica. Con los pocos recursos que ingresaban, algunos rectores se vieron precisados a eliminar cátedras y reducir la nómina del personal, en tanto que las autoridades virreinales para frenar el avance de las tropas independentistas, surgieron la posibilidad de convertirlo en cuartel militar. En una época el ex colegio fue refugio de clérigos licenciosos que lo convirtieron en guarida de truhanes; para finales del siglo XIX se quiso convertir en penitenciaría. El antiguo centro de formación jesuita sobrevivió a esos avatares.
