El autor sostiene que la economÃa y la literatura tienen puntos de contacto y para demostrarlo aborda los siguientes temas: el origen histórico de la filosofÃa y del dinero acuñado, asà como la postulación bivalente que afirma que las palabras señalan cosas concretas y que el dinero implica la posibilidad de obtener bienes si aceptamos que la literatura es valorable.
Para Azorín esta novela resume mejor que ninguna el espíritu de Baroja. Y efectivamente: sus principios filosóficos y sociales, la reacción frente a la miseria y el dolor, y los elementos autobiográficos hacen de esta obra muestra privilegiada del mundo del autor. Médico, como Baroja, el protagonista de " El árbol de la ciencia " asiste impotente a los desafueros de una sociedad mezquina y envilecida. Entre el determinismo fisiológico y la rebelión moral hay la búsqueda de un camino propio.