Recién el obispo Juan de Palafox había vuelto a España, decidió escribir el Libro de las virtudes del indio al rey Felipe IV, con la finalidad de evidenciar tanto la naturaleza de los indígenas y su importancia en las labores que realizaban en la Nueva España, como la necesidad de que se cumplieran las leyes establecidas por la Corona española en la Colonia, pues la irregularidad de su aplicación e incluso su omisión habían provocado que los indios padecieran muchas injusticias: discriminación, abuso, explotación. A través de diversas ejemplificaciones y anécdotas, cada uno de los capítulos que conforman este volumen describe de manera somera, pero efectiva, los principales atributos del indígena, revelando la situación que vivía, su actitud ante ella y las costumbres por las que se regía durante la primera mitad del siglo XVII. La lúcida perspectiva del beato Palafox en esta obra crea una brecha hacia la comprensión de por qué dedicó tanto esfuerzo a la protección de los indios y aun exigió al rey que mandara ver si nación que está por la mayor parte exenta de vicios tan capitales y tan vehementes, puede llamarse más inocente que las otras, y digna del amparo de su rey y señor.